季铵盐类 季铵盐类消毒剂是一种离子表面活性剂，属于合成的有机化合物，有单链季铵盐和双链季铵盐两种。单链季铵盐属阳离子表面活性剂，在阳离子部位具有杀菌能力，无刺鼻味、药性温和、安全性高、腐蚀性低，对畜禽伤害低，对细菌病毒杀灭力尚可，但渗透力差，当有机物存在时，效力会大打折扣;双链季铵盐在阴、阳离子部位均具有杀菌能力，具有单链季铵盐的一系列优点，且杀菌能力较单链季铵盐强，但渗透力差。此类消毒剂可用于带畜消毒，亦可用于畜禽舍空栏、洗手、用具、运输车辆、料槽等的消毒。
卤素类 含氯制剂即漂白粉、二氧化氯、次氯酸钠等。该类消毒剂杀菌谱广，对细菌繁殖体、病毒、真菌孢子及细菌芽胞都有杀灭作用，但挥发性大，有氯气的臭味，对黏膜有刺激性，一般都不宜久存。可用于饮水消毒，亦可用于畜禽舍、用具、运输车辆、洗手等的消毒。
含碘制剂 主要有碘、碘伏等，如市售的有百菌消、碘伏-10等。此类消毒剂杀菌谱广，对细菌芽胞、病毒、原虫、霉菌等的杀灭效果佳。对黏膜刺激性小、毒性低，但当有机物存在时效力减弱且容易见光分解。可制成碘酊或碘液对皮肤、伤口消毒，也可用于带猪消毒，畜舍空栏、洗手、用具、运输车辆等的消毒。
石炭酸(酚)类 此类消毒剂属石油的附属品，如煤馏油酚(克辽林)、皂化煤馏油酚(来苏儿)等，有特殊的气味，渗透力强，价廉，不受有机物的影响，对一般的霉菌、细菌效果尚可，但对病毒、梭菌的芽孢杀灭力不强，且具有腐蚀性和刺激性。一般适用于门口、水泥、砖砌的畜舍空栏、水沟及堆肥场的消毒。
碱类 常用的有烧碱(94%以上的氢氧化钠)、生石灰、石灰乳。一般养猪场最常用的是烧碱，因其价廉、稳定性好，能迅速渗入畜禽栏缝及粪尿等有机物中，具有膨胀、起污作用，能达到脱污、清洁兼杀灭细菌、病毒、虫卵的功用，一般清洗栏舍、饲槽时，可用碱水淋湿浸泡后再冲洗，尚可加在大门口、人、车进出的大水池、畜舍门口的消毒池中。因其腐蚀性强，需空栏使用。
生石灰也是一种价廉的碱性消毒剂，具有吸湿、除臭、杀菌的功能，多使用在易潮湿的畜舍栏的死角位置，畜舍门口的消毒池或掩埋死尸时覆盖杀菌等;
另以一份生石灰，加五份水，配作石灰乳，可用于产房、保育栏的空栏消毒等，有除臭及干涸的效果。需注意的是，市面上销售建筑用的熟石灰(及消石灰)，无杀毒灭菌的功能。
过氧化物类 过氧乙酸、过氧化氢与臭氧为国内常见的过氧化物类消毒剂。其中，过氧乙酸的杀菌能力最强，使用最广泛。该类消毒剂杀菌谱广，对细菌芽胞、病毒、霉菌等均具杀灭效果，但有刺激性酸味，易挥发，有机物存在可降低其杀菌效果，对畜禽栏舍有一定的腐蚀性。常用于浸泡、喷洒、擦抹、喷雾等的消毒，也可用于空栏消毒。
其它类 如75%的酒精、碘酒、红药水、紫药水等。可供去势、剪耳、断尾及外伤、局部伤口等的杀菌与消毒。
