一般情况下，各类营养物质的缺乏对猪只的影响是整体的和多方面的，尤其是对疫苗免疫效果有影响的营养物质，造成猪只免疫应答迟缓和障碍，不仅影响所接种疫苗的免疫空白期，还会影响猪只所接种的疫苗所产生的对应抗体水平的高低以及疫苗接种后所产生保护的全面性。
Se和VE在动物机体免疫功能方面具有协同作用，VE可增强动物机体所接种疫苗的的免疫水平，具有免疫佐剂的作用。Se和VE的缺乏会导致猪只健康程度的下降，尤其是免疫系统的发育障碍，不仅直接体现Se和VE缺乏的负面现象即造成猪只对传染性疾病的易感性增强和猪只猝死症现象的出现；更重要的是间接危害着疫苗免疫效果的发挥。
蛋白质或各类氨基酸的缺乏可以降低猪只机体内循环抗体抵抗病原微生物的能力。猪只必需氨基酸（赖氨酸、蛋氨酸、苏氨酸、色氨酸、亮氨酸等）的缺乏，尤其是苏氨酸的缺乏，严重影响疫苗免疫应答的启动，比如，苏氨酸是动物机体合成免疫球蛋白的一种重要的氨基酸，它的缺乏会抑制免疫球蛋白、T淋巴细胞、B淋巴细胞及其所接种各类疫苗抗体的产生。
某些霉菌毒素、免疫抑制性疾病（蓝耳病、圆环病毒等）或其它未知因素可影响维生素、矿物质、氨基酸的利用，即使饲料中添加量足够，也可引起明显的缺乏症，导致疫苗免疫应答失灵或免疫应答迟钝。尤其是霉菌毒素，不但对猪只免疫系统的损害几乎是毁灭性的打击，使猪只免疫器官如胸腺、脾脏等萎缩，导致机体发生严重的免疫抑制，更严重的影响所接种疫苗的抗体的产生甚至免疫无应答，增加了猪只对猪瘟、伪狂犬、圆环病毒、蓝耳病等疾病的易感性和发病率。大量的实践证明，霉菌毒素的问题决不能忽视，否则，在营养、疫苗免疫等方面所做的一切工作将毫无意义。
