口蹄疫防疫是一项复杂的系统工程，疫苗是重要的生物安全工具之一，但绝非唯一手段，综合性生物安全防护措施是绝对不能偏废的。
口蹄疫以传播快、感染动物广泛、控制难度大和造成经济损失巨大等特点，被世界动物卫生组织（OIE）列为动物传染病的一类病害。该病流行病学特点之一是动物的健康带毒与排毒，这也是该病害难以根除的重要原因之一。根据世界动物卫生组织《陆生动物疫苗与诊断手册》的介绍，反刍动物在康复后或免疫后感染，容易形成持续感染现象，而猪则不会形成持续感染。OIE把带毒超过28天的动物称为持续感染带毒者。反刍动物带毒往往从几个月到几年，猪不超过28天，但感染超过28天的猪还往往能查出口蹄疫病毒核酸。可以肯定的是，猪的带毒时间没有反刍动物长，但确实存在带毒现象，即感染超过28天的猪仍有可能存在病毒核酸，但其是否具有感染性以及在现实中是否有流行病学意义还有待研究。
持续感染的反刍动物带毒时间长并且具有感染性，这一点得到世界公认，但由于猪带毒时间短及生命周期短，其在流行病学上的意义往往被忽略。猪的带毒与反刍动物持续感染的途径相同，一是免疫后感染，即疫苗免疫后，由于免疫效果不确实，虽然起到一定的临床保护作用，但未能抵御感染，或由于病毒本身的生物学特性形成感染但不发病；另一途径是发病后的感染持续。应当指出的是，由于动物免疫状态不同及个体差异问题，不是所有的免疫后动物在面对疫情时都会形成带毒，也不是所有发病后康复动物都会带毒相同的时间。猪各器官带毒往往只在病毒血症期间，康复后就很难查到病毒了。病毒血症过后可能存在活病毒的组织包括骨髓、淋巴结和扁桃体，以扁桃体带毒时间最长和最多。OIE认为猪带毒不超过28天是对个体而言而非对群体，因为个体在28天带毒过程中还会排出病毒并会感染群体中其他个体，从而在群体中形成新的感染，这种新的感染可能引起群体中新的病例，或同样形成新的健康带毒个体。这就意味着疫情过后28天群体并非处于口蹄疫病毒洁净状态。如有漏免个体或免疫缺陷的个体存在，则随时可能出现新的疫情。有些猪场疫情过后散发不断就是这个道理。
对于免疫后或康复后带毒是否有依据以及免疫后仍然可能带毒还有无必要免疫的问题，世界上多位学者做过研究。2006年塞浦路斯国际口蹄疫会议上多位学者报告了猪的带毒与排毒问题存在，并做出了免疫虽然不能完全提供临床保护和病毒学保护，但可以有效使免疫后感染的猪排毒量大幅减少的结论。笔者用国内疫苗所做的免疫研究同样证明免疫后带毒是确实存在的。日本2010年暴发口蹄疫，由于法律要求只能扑杀不能免疫，当时易感动物多、感染传播太快，以至于来不及扑杀和处理尸体。但日本紧急改变措施使用疫苗紧急控制了疫情。疫苗起到了减少排毒和传播的作用。为防止免疫后带毒动物继续排毒传播疾病，日本在控制疫情后将所有免疫动物当作感染动物全部扑杀处理。日本的经验说明免疫控制疫情是有效的，动物带毒与排毒是有风险的。
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