疫苗的使用在疫苗的使用过程中，有很多因素影响免疫效果，例如疫苗的稀释方法、水质、稀释所用的器皿、雾粒大小、接种途径、免疫程序等都是影响免疫效果的重要因素，各环节都应给予足够的重视。
疫苗的安全性问题减毒疫苗可能会出现返强现象，或引发免疫缺陷个体严重疾病，或产生对病毒抗原或鸡蛋抗原成分的超敏反应，或导致持续感染。而灭活疫苗则可能会出现灭活不彻底、酵母及其产物污染、病毒污染、内毒素污染等。
疾病对免疫的影响有些疾病可能引起免疫抑制，从而严重影响疫苗的免疫效果，譬如猪群感染了猪繁殖与呼吸综合征病毒、圆环病毒等都会影响其他疫苗的免疫效果，甚至导致免疫失败。另外，免疫缺陷病、中毒病、一些寄生虫病等对疫苗的免疫效果都有不同程度的影响。
母源抗体母源抗体的被动免疫对新生动物是十分重要的，然而对疫苗的接种也带来一定的影响，尤其是弱毒苗在免疫动物时，如果动物存在较高水平的母源抗体，会极大地影响疫苗的免疫效果。所以，在安排免疫程序时，严格来讲需测定仔猪的母源抗体来确定首免日龄。
病原微生物之间的干扰作用同时免疫两种或多种弱毒苗往往会产生干扰现象，例如猪瘟疫苗与猪繁殖与呼吸综合征疫苗之间的互相干扰作用。干扰的原因可能有两个方面：
一是两种病毒感染的受体相似或相同，产生竞争作用;二是病毒感染细胞后产生干扰素，影响另一个病毒的复制。
总之，造成免疫失败的原因可能是多方面的，出现问题时应全面考虑各方面的因素，找出真正的原因。
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