一、微生物的敏感性。不同的病原微生物，对消毒剂的敏感性有很大的差异，例如病毒对碱和甲醛很敏感，而对酚类的抵抗力却很低。大多数的消毒剂对细菌有杀灭作用，但对细菌的芽孢和病毒作用很小，因此在消毒时，应考虑致病微生物的种类，选用对病原体敏感的消毒剂。
二、消毒剂的浓度。一般来说，消毒剂的浓度越高，杀菌力也就越强，但随着消毒剂浓度增高，对活组织(畜禽体)的毒性也就相应地增大。另一方面，有的消毒剂当超过一定浓度时，消毒作用反而减弱，如70%—75%的酒精杀菌效果要比95%的酒精好。
三、消毒剂使用的时间。一般情况下，消毒剂的效力同消毒作用时间成正比，其效果就越好。作用时间如果太短，往往达不到消毒的目的。
四、消毒剂的温度。消毒剂的杀菌效力与温度成正比，温度增高，杀菌效力增强，因而夏季消毒作用比冬季要强。
五、环境中有机物的存在。当环境存在大量的有机物如畜禽粪、尿、污血、炎性渗出物等，能阻碍消毒药与病原微生物直接接触，从而影响消毒剂效力的发挥。另一方面，由于这些有机物往往能中和并吸附部分药物，也使消毒作用减弱。因此在进行消毒之前，应首先对畜禽舍进行彻底清扫和冲洗，清除畜禽舍内的粪尿污物等，从而充分发挥消毒剂的有效作用。
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