虽然仔猪腹泻的病原很多，而且复杂，但其主要原因是仔猪接触病原体的机会增加的同时，母源抗体水平下降，当多种传染性病原体超过初乳和乳原性免疫保护能力时，仔猪发生下痢。产房温度、湿度、通风、卫生等环境因素对腹泻的严重程度和病畜的存活率具有重大影响。
最常见的腹泻病原体是大肠埃希氏菌、轮状病毒、传染性胃肠炎病毒和猪等孢球虫。
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