引走引起仔猪腹泻的原因相当复杂，仅饲料原因就有多种。
1.1仔猪消化机能不全
断奶仔猪从吃初乳变成了以饲料为主，加上断奶应激，降低了酶的水平。据资料表明，断奶后一周各种消化酶活性降低到断奶前水平的1／3，使本来就不足的酶含量更少，影响营养成分的消化和吸收。同时，断奶后，仔猪胃内由于胃酸不足，pH值升高，胃蛋白酶形成减少，对饲料中蛋白质的消化率降低，消化不完全的饲料为肠内致病性大肠杆菌及有害微生物的繁殖提供了有利条件，抑制了乳酸杆菌的生长，最终因消化不良而腹泻。
1.2日粮抗原过敏
胃肠黏膜中存在大量的淋巴组织，通过体液和（或）细胞免疫对抗进入胃肠道的抗原物质。仔猪由于消化道及其酶系统尚未发育健全，尤其是蛋白酶的活性在6-8周龄前很低，在采食饲料时，饲料中的抗原物质，包括无害的蛋白质通常可激发系统的免疫反应，在获得免疫耐受之前，通常要经历一段过敏时期，即饲料抗原引发仔猪发生细胞介导的超敏反应（迟发性超敏反应），导致小肠损伤。主要表现为小肠绒毛萎缩、隐窝增生，进而引起功能变化而腹泻。此外，由于肠道组织的损伤，病原微生物可乘虚而人，加剧腹泻病程。断奶仔猪在进食固体饲料或变换饲料后， —般3d一5d出现腹泻，在无病原微生物的参与下，一个星期左右病情得以缓解。
1.3营养因子缺乏
仔猪缺乏维生素（如叶酸、烟酸、泛酸）、矿物质或其它必需的营养物质（如微量元素锌、硒、铁、铜），导致抵抗力降低而出现下痢。病仔猪排淡黄色、白色、灰绿色糨糊状或水样恶臭稀粪。
1.4应激因素
在引起仔猪腹泻的诸多因素中，原发性因素并不是大肠杆菌，一而是由于断奶过程中的应激（尤其是采食了大量的植物蛋白这类的抗原）影响肠道和黏膜免疫系统的仔改变，小肠绒毛变短，微生态平衡打破。造成了肠道的损伤，使胃肠酶水平和吸收能力下降。新生仔猪肠道有一种“记忆”细胞，它能识别抗原并与之反应，当断奶仔猪接触到从来没有接触过的植物蛋白时，就会发生免疫反应，以消除抗原的危害。但是当断奶仔猪长期接触这些日粮中的抗原，日粮的抗原物质达到一定量或作用时间后，仔猪就会产生免疫耐受力，从此对这种抗原不再反应。在仔猪没有适应日粮中的抗原或者肠道未产生免疫耐力之前，这种日粮仍会引起仔猪腹泻。
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