1、微量元素污染
微量元素在消化道的吸收率较低。如成年猪对锌的吸收能力为7%～15%，铜的吸收率只有5%～10%，没被消化吸收部分都随粪便排出。一般认为当土壤中可给态的铜和锌分别达100～200mg/kg和100mg/kg以上时，即可造成土壤的铜、锌污染和植株中毒；当土壤中砷酸钠加入量为40mg/kg 时水稻减产50%，为160mg/kg 时水稻不能生长。此外植物体还能富集土壤中的微量元素，通过食物链和生态系统的循环，使微量元素在环境中不断的循环累积，从而造成更广泛的污染。
2、抗生素污染
抗生素添加剂对动物健康生长起到一定的保证作用，然而也会在动物成品及环境的过量残留，对人体健康及养殖业环境造成严重的危害。据统计，痢特灵经尿排出量占原形的6％～10％，一个万头猪场每年需添加金霉素等药物3000～5000kg，排泄到环境中的量以10%计，则该猪场每年向环境排泄上述原形药物300～500kg.由于细菌耐药性，大量的细菌从猪场排放到周围环境中，一旦这些致病菌再次感染人体，引起爆发性流行，其治疗将非常困难。近年来，因养猪业引发的猪链球菌病、口蹄疫、蓝耳病的爆发性流行以及药物残留无不与抗生素的使用和集约化养殖环境密切相关。
3、磷污染
磷是影响水质和造成水源及土壤污染的主要物质。猪对植物性饲料中的植酸磷利用率很低，人们为了满足猪对磷的需要量，在饲料中添加了大量的无机磷，而生产中供给的无机磷不能被猪完全利用，结果剩下的磷又随粪便排出到环境中，造成土壤和地下水的磷污染。磷排入江河后，造成水体富营养化，使水透明度降低，植物光合作用减少，微生物繁殖过度，氧气减少，厌氧菌繁殖加速，产生臭味，鱼类缺氧死亡。
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