中国口蹄疫疫情流行呈现非季节性，有多个毒株共同流行。但2013年依然以O型为主，A型散发;而O型，以缅甸98为主，同时伴有新猪毒变异株。
具体来说，中国流行的O型口蹄疫包括有O型口蹄疫包括有，1、CATHAY型(中国型)：该拓扑型中的疫苗株包括OR/80、OZK/93、OS/99/s及O/GX/09-7;2、ME-SA型(中东-南亚型)：俗称泛亚型;3、SEA型(东南亚型)：即缅甸98谱系，该拓扑型中的疫苗株包括Mya98/by/2011、O/XJ/10-11。所以，猪场免疫口蹄疫疫苗，必须免疫的还是缅甸98型的疫苗，这是最重要的。由于A型口蹄疫为散发，目前农业部还没有批准猪用A型口蹄疫疫苗，商品化的仅仅为牛A型口蹄疫疫苗，国家口蹄疫参考实验室提醒：A型口蹄疫流行还不是很多。除了缅甸98，还可以免疫一些新猪毒的疫苗。
对于A型口蹄疫，如果猪场确实要免疫A型口蹄疫疫苗，那么需要注意：现在A型口蹄疫疫苗是没有单苗的。目前都是“O+A”的疫苗。如果你已经免疫了O型疫苗，一定要注意好免疫程序，调整好，再去免疫“O+A”。不能出现前两天刚免疫了一个O型的口蹄疫疫苗，这两天又再免疫一个“O+A”疫苗，这样不但不会提高原来的抗体水平，反而可能会把原来的O型抗体抵销掉。国家口蹄疫参考实验室建议，如果周边压力大的话，可以紧急免疫O+A，但如果周边压力不是很大的话，还是慎重考虑。当然，发生口蹄疫时，需用使用与中国流行毒株匹配的病毒型、亚型的灭活苗。使用疫苗的毒株，跟当地流行的越匹配，效果越好。预防口蹄疫，免疫还是最重要的途径之一。
口蹄疫疫苗免疫几次才好?
由于口蹄疫是灭活疫苗，灭活苗仅免疫一次，是没有效果的。所以进行首次免疫后，一定要做第二次免疫。首次免疫对于抗体的产生没有明显的积极作用，但它可以刺激免疫细胞，起到所谓的“预刺激”作用，并促使其产生口蹄疫特异的记忆细胞。在首次免疫4周左右进行第二次免疫，此时由于第一次的预刺激会提高第二次的免疫反应。根据所使用疫苗的质量，有时还需要进行第三次注射免疫。
猪口蹄疫的免疫与疫苗应用
口蹄疫(foot-and-mouthdisease,FMD) 是由口蹄疫病毒(foot-andmouthdisease Virus, FMDV)引起的一种急性、热性、高度接触传染性并可快速远距离传播的动物疫病，世界动物卫生组织(OIE)将其列为必须报告的动物疫病，我国规定为一类动物疫病。其主要感染偶蹄兽，患病动物的口、舌、唇、蹄、乳房等部位发生水疱，破溃形成烂斑。
一、病原
口蹄疫病原是口蹄疫病毒，属小RNA 病毒科(Picornaviridae)口蹄疫病毒属(Aphthavirus)，病毒粒子直径为20 ～ 25nm，呈大致的圆形或六角形，无囊膜。FMDV 有A、O、C、SAT1、SAT2、SAT3 以及Asia 1 型7 个血清型。该病毒不仅在各型间没有交叉免疫性，同血清型的各亚型之间也仅有部分交叉免疫性。口蹄疫病毒在环境中有一定的存活能力，病毒在干燥粪便中存活14 d，泥浆中存活6 个月，尿中存活39d。在土壤中夏季可以存活3 d，冬季存活28 d。
二、流行情况
O 型毒株：2005 年，世界口蹄疫参考实验室将全世界O 型口蹄疫病毒株根据VP1 基因和流行地区统一划分为10 个拓朴型(Topotype)，又称基因型，这对于疫苗的制备和防疫有重大的指导意义。我国主要流行3 个拓朴型，即Cathay 拓朴型(古典中国型)的猪毒谱系、SEA拓朴型(东南亚拓朴型)Mya-98 谱系( 缅甸98) 和ME-SA拓朴型( 中东- 南亚拓朴型) 泛亚谱系。
全世界分离保存最早的Cathy型毒株是1970 年香港株，至今该拓朴型病毒已流行40多年，并且在不断衍变进化。Cathy 型分为3 个进化分支，分别是旧猪毒、新猪毒-1 和新猪毒-2。旧猪毒主要在1970—1993 年间流行，基本都是猪发病，代表毒株有OZK93，OR80 等;新猪毒-1 主要在1992—2005 年间流行，田间除了猪发病外，也有牛发病的病例，代表毒株如TAW97、ON92 等;新猪毒-2 在2005—2006 年被发现，是目前Cathy 型病毒的主要流行分支，临床仍主要以猪发病为主，偶尔有牛的病例，其抗原较以前毒株发生了变异。
Mya-98 谱系分属于SEA 拓朴型，在我国流行已数十年，早期仅感染牛、羊，从2010 年初期开始大规模引起猪发病，现已成为猪口蹄疫的主要流行毒株。泛亚谱系(PanAsia)1999 年从西边入境，主要引起牛发病，而在周边国家如越南，还有大量引起猪发病的报道。我国2010 年正式向OIE 报告猪O 型口蹄疫疫情，近年优势毒株为Mya-98 和新猪毒-2。
A 型毒株：A 型口蹄疫病毒可分为欧洲- 南美型、亚洲型、非洲型3 个遗传拓朴型，其下包含多个不同区域的流行毒株。2013 年初，我国广东省茂名市发生猪A型口蹄疫疫情，该流行毒株属于亚洲拓朴型(Asia Topotype)东南亚97 毒株(Sea-97 Strain)。A/Sea-97 毒株是亚洲东南亚地区特有的一株A 型口蹄疫流行毒，可分为2 个进化分支。
2009 年以来我国发生的A 型口蹄疫(以湖北武汉2009 株为代表)属于G1 分支，而新出现的广东茂名猪A 型毒属于G2 分支，很可能近期由境外传入，而非国内G1 毒衍化而来。
Asia 1 型：毒株Asia 1/JS/05 株仅在个别地区引起猪发病，2009 年5 月以后，我国再未见到Asia1型临床病例，也未监测到猪病原阳性。
