在处理过程中常加入抗生素，所以细菌通过人工授精传播的几率较小，病毒性疾病通过人工授精途径传播的风险比较大。
(1)口蹄疫病毒：学者从自然感染的公猪精液中分离出了口蹄疫病毒，该病毒可以通过淋巴液和血液进入睾丸和附性腺，并可以在包皮周围扩增，增加了人工授精疾病传播的风险。
(2)猪瘟病毒：从人工感染和自然感染的公猪精液中都可以分离出猪瘟病毒，猪瘟病毒被认为是高度感染性的病毒之一。很多母猪在感染猪瘟病毒后不表现出明显的临床症状和病理学变化，这对猪瘟病毒的检测和人工授精的安全性带来了挑战。
(3)伪狂犬病毒：学者研究证实伪狂犬病毒可以在生殖道中增殖，不论是人工感染还是自然感染，都可以从尿液、包皮和精液中检测出该病毒。精液并不是本病毒的主要传播途径，它主要通过鼻咽粘膜的吸入途径传播。
(4)蓝耳病病毒：研究人员从猪精液中分离出蓝耳病毒，从未成熟的精子细胞中检测出蓝耳病毒，而在成熟的精子细胞中检测不到，该病毒造成精子活力下降，影响精子质量，造成母猪受胎率降低。带毒公猪感染蓝耳病病毒后临床症状不明显，精液是该病毒主要的传播途径。
(5)圆环病毒：研究发现，在自然感染圆环病毒的公猪群中，即使猪体内已有抗体的产生，但仍有50%的公猪精液中可以分离出该病毒。圆环病毒可以间歇性地由精液途径排除，人工授精途径在本病的传播中扮演着重要的角色。
(6)细小病毒：细小病毒易引起未免疫母猪的死胎，而感染该病毒的公猪不表现出明显的临床症状。免疫力低下的公猪可经精液途径排毒，既使感染公猪的精液中检测不出细小病毒，也可以从其生殖器，阴囊淋巴结和附睾中分离出该病毒。
(7)肠道病毒：肠道病毒可以造成胎儿和新生仔的死亡，肠道病毒还会导致公猪发生精囊炎，引起精子畸形和公猪性欲低下。其传播方式主要是经口摄入尿粪污染物而感染，一旦公猪感染肠道病毒，就极有可能在精液采集的过程中污染精液从而感染母猪群。
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