疫苗之间是有相互干扰的：两种及两种以上的疫苗不能在同一天接种，更不能混在一起接种，尤其活疫苗。免疫反应是一个复杂的生物学过程，免疫效果受到多种因素影响。如影响疫苗的质量、环境因素、母源抗体水平、免疫抑制性疾病、营养因素、免疫方法及应激因素影响等均与免疫失败有关。
1、疫苗的质量问题
疫苗的质量好坏直接影响免疫效果。影响疫苗质量的因素，一是生产厂家的疫苗质量差，如效价或斑量不够，油乳剂灭活苗乳化程度不高。抗原均匀不好；二是由于运输、保存不当，造成疫苗失效或效力减低；三是疫苗毒株的血清型与所预防的病原的血清型不一致，不能达到预防的目的。
2、疫苗使用不当
疫苗使用不当是常见的影响免疫效果的因素，主要包括疫苗稀释不当，没按规定使用指定稀释液；免疫操作不当，注射免疫时，注射器定量控制失灵；针头过短、过粗，有时打飞针注射不确实；在使用活疫苗前后7天內使用抗菌素药物，影响免疫效果。免疫程序不合理等，如接种时间和次数的安排不恰当，不同疫苗间相互干扰。
3、动物机体因素
①如果母源抗体水平较高时，进行免疫接种，进入体内的疫苗可被高水平的母源抗体中和，可造成免疫失败。通过抗体监测手段获得畜群中总体母源抗体水平，当母源抗体水平下降到临界值时再进行免疫接种，就可获得好的免疫效果。
②疾病因素，免疫抑制性疾病、中毒病、代谢等疾病都会影响机体对疫苗的免疫应答能力，从而影响免疫效果。
③营养、日令、遗传因素、严重营养不良，维生素、微量元素、矿物质缺乏，特别是蛋白质营养缺乏时，会影响免疫球蛋白的产生，造成机体免疫功能下降，从而影响免疫效果。幼令动物，机体免疫器官尚未发育成熟，免疫应答能力不完全，过早免疫，免疫效果不好。由于遗传因素，不同品种、不同个体，对疫苗应答能力有差异。
4、环境因素：当环境中有大量的病原微生物存在时，使用任何一种疫苗，往往都不能达到最佳免疫效果。环境卫生不良可造成动物机体抵抗力下降，也可影响免疫效果。
5、应激因素：饲养密度过大、舍内湿度过高、舍内通风不良、严重的噪音、突然惊吓及突然换料等因素，均可对畜群造成不同程度的应激。从而使其在一段时间內抵抗力降低，影响免疫效果。因此，免疫接种时应尽量避免产生应激因素。
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