仔猪腹泻的治疗应采取综合性、全面性的措施，治疗时应清除胃肠内的异常有害物。抗菌、消炎、收敛、补液、调整体内酸碱平衡、强胃健脾为主要原则。使用抗生素防止继发感染，注射或口服庆大霉素、新霉素、乙酰甲喹以及喹诺酮类药物等。对病情严重仔猪肌注猪用干扰素、白细胞介素等，配合补液盐水与注射阿托品制剂，可有效降低仔猪死亡率。
1、穴位注射疗法，推荐方剂：头孢曲松钠+ 阿米卡星注射液+ 黄芪多糖注射液混合，后海穴注射。注射器抽取药物后于仔猪后海穴稍向前上方刺入2到3厘米处注射药液。每天2次，连用3天。
2、补液疗法
输液可以起到提供能量、改善血液循环的作用，根据病仔猪不同情况采取不同的补液方式。
(1)静脉注射：氯化钠注射液+ 维生素C + 庆大霉素，每天两次，连用三天。
(2)腹腔注射：复合维生素B+维生素C+肌酐+辅酶A+ 黄芪多糖+葡萄糖注射液混合。每头仔猪腹腔注射20毫升混合液，每天一次，连用三天。注射时将仔猪倒立保定，在倒数第2对乳头外1厘米处，碘酊消毒后将注射器垂直扎入，有落空感且回抽注射器，观察没有异常则表示所注射位置安全，可以注射。
(3)饮水治疗：饮水中添加电解多维+小苏打+口服补液盐+新霉素，使用剂量参考产品说明书，连饮3天。或者每1千克水中加葡萄糖20克+ 氯化钠3.5克+ 氯化钾1.5克+ 小苏打2.5克，连用3天。猪病通执业兽医师在此提醒，饮水要保证清洁，做到少加勤添。
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