由于发酵床内的微生物菌需要特定的温湿度环境，加之菌在分解粪便中的有机物质时产生大量的热能，猪舍内的温度和湿度均较高。因此，发酵床养猪技术中猪舍的通风系统的设计是该技术成败的关键技术之一，应重点强调通风、采光。
发酵床养猪猪舍可以在原建猪舍的基础上稍加改造就行，一般要求猪舍东西走向、坐北朝南、采光充分、通风良好，南北可以敞开，以利于微生物更适宜地生长繁殖。通常每间猪圈面积约25平米，可饲养肉猪15—20头。如果用温室大棚养，既省事又省钱，因为大棚造价低，而且小气候更容易调节。冬天采光好、保温，猪可以安全越冬；夏天放下遮阳膜，把四周裙膜摇起，可以通风降温。
在猪栏一侧设饲喂槽和饮水器，饮水器下端另加接水容器，将滴漏的水引至舍外，保证不流入垫料区，以防饮水潮湿垫料。
发酵床管理有其独特的地方，因此平时的管理也要有所不同。
猪的饲养密度：根据发酵床的情况和季节，饲养密度不同。一般以每头猪占地1.2—1.5㎡为宜，小猪可适当增加饲养密度。如果管理细致，更高的密度也能维持发酵床的良好状态。考虑到节约床材和省力，夏季饲养密度可为1.2㎡/头、冬季1.5㎡/头为宜。
发酵床面的干湿：发酵床面不能过于干燥，一定的湿度有利于微生物繁殖，如果过于干燥还可能会导致猪发生呼吸系统疾病，可定期在床面喷洒百益宝EM原液稀释液。床面湿度必须控制在60%左右，水分过多应打开通风口调节湿度，过湿部分及时清除。
驱虫：猪只导入前一定要用相应的药物驱除寄生虫，防止将寄生虫带入发酵床，以免猪在啃食菌丝时将虫卵再次带入体内而发病。
密切注意益生菌的活性：必要时要再加入百益宝EM原液稀释液来调节发菌的活性，以保证发酵能正常进行。猪舍要定期喷洒百益宝EM原液稀释液。
控制饲喂量：为利于猪拱翻地面，猪的饲料喂量应控制在正常量的80%。猪一般在固定的地方排粪、撒尿，当粪尿成堆时挖坑埋上即可。
禁止化学药物：猪舍内禁止使用化学药品和抗生素类药物，防止杀灭和抑制益生菌，使得益生菌的活性降低。
通风换气：圈舍内湿气大，必须注意通风换气
