随着养殖业的不断发展，三疣梭子蟹病害的发生也越来越频繁，主要有以下几种：
一、环境引起的疾病
池塘底部有毒气体硫化氢、氨及生物毒素和高浓度用药引起的急性中毒。
1、症状：病蟹背甲后缘胀裂出现假性“脱壳”或三角膜出现红黑泥性异色或腹脐张开下垂四肢僵硬而死亡。
2、防治措施：一般要加强水体管理，定期用沸石粉或“氨净”处理底质。发生中毒症状要立即更换池水，换水量为池水的30-50%。营养性脱壳不遂、肝肿大或其他内脏疾病，一般为缺少钙磷或脂肪摄入过多引起，也有因缺乏维生素等引起。因此，平时饲料中应适当添加脱壳素、磷酸二氢钙及各种维生素，可减少此类病害的发生。
二、病毒病
病原主要有疽疹病毒及小核糖核酸病毒，多发生在5-10月份。
1、症状：病蟹行动迟钝，呈昏睡状，蟹爪无力，血淋巴变白，肝胰腺脓肿变白，腐烂发臭，死亡较快。
2、防治措施：此种病主要是以预防为主：①适量换水，用机械增氧;②饵料中加入免疫多糖连续投喂一周。
三、细菌病
1、症状：三疣梭子蟹被细菌感染后，常表现两种症状：①甲壳和附肢等部位凹陷溃烂，如甲壳病;②引起局部组织器宫感染或转为全身性败血症，在整个生活史中都可能受细菌感染而发病，主要有弧菌病及细菌性甲壳病。
2、防治措施：对细菌性疾病，日常应加强养殖管理，避免机械性损伤，发现病蟹害要及时清除，以防疾病蔓延。养成期要降低养殖密度，提高饵料质量和换水率。对于患病的蟹可全池泼1-2ppm的土霉素治疗，也可在饵料中加入1‰的恩诺沙星连续投喂。
四、真菌病
1、症状：常引起三疣梭子蟹真菌病的病原一般有水霉菌、毛霉菌或链壶菌等。此病多由菌种侵入受伤的梭子蟹身体表面所致，病蟹行动迟缓，摄食减少，伤口不愈合，伤口部位组织溃烂并蔓延，**后死亡。
2、防治措施：对于真菌性疾病，日常管理时应彻底消灭敌害生物，减少河蟹在捕捞、运输、放养等过程中的机械损伤。病蟹可用5%食盐水溶液浸洗5-10分钟，并用5%碘酒涂抹患处。
五、寄生虫病
1、症状：多由固着类纤毛虫如聚缩虫、杯体虫或钟形虫等引起。病蟹体表长满许多棕色或黄绿色绒毛，行动迟缓，对外界刺激不敏感，**终因无力蜕壳而导致死亡。
2、防治措施：患病期间可用：①15-20ppm生石灰全池泼洒并更换1-3次病蟹池水;②0.5-1ppm的新洁尔灭与5-10ppm的高锰酸钾混合液浸洗病蟹。其它还有才女虫、阿脑虫及蟹奴等寄生虫病，一般从蟹体表或内脏都能看到虫体，流行季节一般为7-10月份或开春。三疣梭子蟹活动少时易得此类病，一般可用0.5ppm高锰酸钾或0.7ppm的硫酸铜和硫酸亚铁合剂(5:2)全池泼洒杀灭。