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(1)根系严重受损。受涝水稻黑根和黄根数剧增，据调查，常规籼稻和粳稻淹没4天、杂交稻淹没6天，黑根和黄根比例达100%；水稻淹没10-14天，黑根比例达90%，部分根系死亡。
(2)叶片、分蘖、主茎和分蘖节相继死亡。受涝水稻最先死亡的是淹没在水中的叶片，受影响的心叶也会死亡，以后分蘖、主茎及分蘖节相继死亡，造成缺穴，总苗数严重下降。据1991年兴化调查数据表明，受涝水稻一般缺穴率达49.7%-87.3%，每亩总苗数在2.4万-9.6万。
(3)生长量下降。灾后出生的水稻叶片变小，株高下降，干物质积累降低。
(4)高位分蘖增多。存活的稻株随心叶长出分蘖，有的甚至在伸长茎节上长出分蘖。
(5)生育期推迟，抽穗期拉长。水稻受淹后生育期推迟，受淹天数越多生育期推迟越明显。一般淹3-5昼夜的田块，齐穗期和成熟期推迟1-2天；淹7昼夜的，齐穗期和成熟期推迟2-3天，严重的可达5天以上。
(6)产量下降。受涝稻田穗数不足，灾后出生的分蘖节位较高，穗形变小，千粒重下降，亩产量降低，产量损失严重的达80%以上。
保留与改种
水稻没顶1昼夜对生长发育基本无影响；没顶2-3昼夜，只要排水后补救措施跟上，产量也能达到未淹水稻的水平；淹没3昼夜以上，对产量有较大影响；受淹7昼夜以上，产量极低，甚至绝收。在受淹3-7昼夜范围内，受淹每增加1昼夜，亩产量下降50公斤左右，减产10%。受淹水稻是保留还是改种，应根据受淹时间长短及稻苗受损程度而定。判断的标准：一是看叶片。排水后稻苗有绿色叶片存在或出水3天后能见到心叶抽出，可以继续保留。二是看叶鞘。水稻叶鞘内部仍为绿色，没有腐烂，并且有一定硬度，可以继续保留。三看根系。稻株有白根或根系淡黄色，或者排涝后2-3天能见到新根发出，可以继续保留。四是看生长点。排水后2-3天剥查水稻主茎，生长点呈晶亮状，不萎缩、不浑浊，每穴有2-3个茎蘖苗存活，可以保留。五是看群体。排水后3-5天，每亩有5万以上茎蘖苗，可以保留。六看稻株。轻拔稻株容易拔断，分蘖节变软，外部叶片腐烂，心叶已死，根系全部是黄根和黑根且开始发臭，应在排水后耕翻改种。
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