在猪瘟与其它疾病混合感染的猪身上，检测猪瘟抗体水平大多数都在1：16左右徘徊。这些场并不是不重视猪瘟的免疫防疫工作，但是接种了猪瘟疫苗后，猪瘟的抗体水平还是上不来，其导致免疫失败的主要原因有以下几个方面：
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1.霉菌毒素的影响
几乎所有的霉菌毒素都对免疫系统有破坏作用，猪只的免疫系统不足以抑制病原体的侵害，为疾病的发生创造了有利条件;霉菌毒素能导致畜禽产生免疫抑制，引起猪群免疫失败，使畜禽注射疫苗后抗体水平仍然很低，诱发多种疾病的发生，导致疫病传播。例如黄曲霉素B1(AFB1)和新月霉菌产生的T-2毒素会抑制蛋白质合成和细胞增殖，霉菌毒素在生物体外对淋巴细胞具有细胞毒杀性，可能因霉菌毒素对细胞膜作用(包括淋巴细胞受体改变)或干扰巨分子合成及其功能。例如细胞松弛素(cytochalasin)对淋巴细胞具有高度细胞毒性，可作用在胞质分裂(可能藉与丝状肌动蛋白结合)上，从而使免疫机能受到抑制。
2.免疫抑制性疾病的影响
常见疾病如猪繁殖和呼吸道综合征(PRRS)及圆环病毒等在猪群存在，会产生免疫抑制，使猪的免疫力下降，机体对猪瘟疫苗的免疫应答下降，造成免疫失败，李华、杨汉春等人在2001年已证实PRRS对猪瘟抗体水平有影响。
3.免疫程序不合理
免疫程序的关键是排除母源抗体干扰，确定合理的首免日龄。有的猪场忽视本场的实际以及猪只个体的差异，采用同一个免疫程序来进行免疫，如在母源抗体效价尚高时接种疫苗，即会被母源抗体中和掉部分弱毒，阻碍疫苗弱毒的复制，仔猪就不能产生坚强的主动免疫力。
4.疫苗免疫剂量不足
对于那些处于半免疫状态的临床感染的猪(无临床症状)，若此时仅接种1头份猪瘟活疫苗，非但不能产生免疫力，反而刺激引发非典型猪瘟。
5.疫苗质量问题
疫苗的运输、保存、使用不当，会影响免疫效果。猪瘟冻干苗应在低温条件下运输和保存，稀释后应立即使用，不能存放过久。稀释后的疫苗如不能一次性使用完，应放在冰瓶或冷藏箱内低温保存。此外，操作过程中的失误，如用失真空的疫苗或超过有效期的疫苗，注射时消毒不严，造成潜伏期病毒的传播等，都会影响疫苗的免疫效果。另一方面，不法厂家私自制造一些质量没有保证的猪瘟疫苗，及兽医从业人员的素质水平普遍较低，使猪只免疫失败和隐性猪瘟的猪只增多。
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