卫生防疫管理是生态养鸡中的关键环节。因为，忽视卫生防疫管理容易导致鸡群发生疾病。疾病的发生对于生态养鸡来说带来的问题会很多：首先，鸡群发生疾病后会造成部分鸡只的死亡，为了治疗疾病需要花费较多资金购买药物，花费较多人力和时间使用药物，疫病发生后会使养鸡场地在今后相当长的时期内存在疫病风险，直接经济损失很大；其次，鸡群发病后，没有死亡的个体其生产性能(生长速度、产蛋量、饲料效率等)在较长一段时期内会显著降低，间接的经济损失也很大；再次，鸡群发病后，病原体可能会污染鸡肉和蛋，如果使用药物治疗则可能造成药物在鸡肉和蛋中的残留，影响消费者健康。因此，做好卫生防疫管理，防止疾病尤其是传染病的发生是提高生态养鸡生产水平和产品质量的关键环节。
卫生防疫制度是养鸡场卫生防疫工作的依据，没有卫生防疫制度则卫生防疫工作无所适从，卫生防疫制度不健全可能会在生产中出现某些环节的失误，卫生防疫制度不合理则可能费力费钱而达不到应有效果，有了卫生防疫制度不严格执行等于没有卫生防疫制度。因此，对于一个养鸡场不仅要有合理、健全的卫生防疫制度，而且在日常工作中必须严格执行。
某肉鸡养殖场养殖有限公司卫生防疫制度
1.非生产区 工作人员及车辆严禁进入生产区，确有需要者必须经场长或主管兽医批准并经严格消毒后，在场内人员的陪同下方可进入，并只可在指定范围内活动。
2.生活区防疫制度 (1)生活区大门应设消毒门岗，全场员工及外来人员入场时，均应通过消毒门岗，消毒池每周更换两次消毒液。 (2)每月初对生活区及外环境进行一次大清洁、消毒，灭鼠、灭蚊蝇。 (3)任何人不得从场外购买鸡肉及其加工制品入场，场内员工及其家属不得在场内饲养各种家禽。(4)饲养员要在场内宿舍居住，不得随便外出；场内技术人员不得到场外出诊；不得去屠宰场、其他养鸡场或屠宰户、养鸡户场(家)逗留。 (5)员工休假回场或新招员工要在生活区隔离2天后方可进入生产区工作。 (6)搞好场内卫生及环境绿化工作。
3.车辆卫生防疫制度 (1)运输饲料进入生产区的车辆要彻底消毒。 (2)运鸡车辆出入生产区、隔离舍要彻底消毒。 (3)上述车辆司机不许离开驾驶室与场内人员接触，随车装卸工要同生产区人员一样更衣、换鞋、消毒。
4.购销鸡防疫制度 (1)从外地购入鸡，须经过检疫，并在场内隔离舍饲养观察40天，确认健康、经消毒后方可进入生产舍。 (2)出售鸡时，须经兽医临床检查无病的方可出场。 (3)生产线工作人员出入隔离舍、售鸡室时要严格更衣、换鞋、消毒，不得与外人接触。
5.疫苗保存及使用制度 (1)各种疫苗要按要求进行保存，凡是过期、变质、失效的疫苗一律禁止使用。 (2)免疫接种必须严格按照公司制订的《免疫程序》进行。 (3)免疫注射时，尽量不打飞针，严格按操作要求进行。(4)做好免疫计划、免疫记录。
6.饲养员工必须经更衣室更衣、换鞋、脚踏消毒池、手浸消毒盆后方可进入生产线。消毒池每周更换2次消毒液，更衣室紫外线灯保持全天候开着状态。
7.生产区每栋鸡舍门口设消毒池、消毒盆，并定期更换消毒液，保持其有效浓度。
8.制订完善的鸡舍、鸡体消毒制度(详见消毒制度)。
9.杜绝使用发霉变质饲料。
10.对常见病做好药物预防工作(详见药物预防制度)。
11.做好员工的卫生防疫培训工作。
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